El Instituto tiene una Unidad de Auditoría Interna, la cual funciona bajo la dirección inmediata y la responsabilidad de un auditor, quien debe ser contador público autorizado, con amplia experiencia en sistemas de informática. La Auditoría Interna cuenta con los recursos necesarios para el cumplimiento adecuado de sus funciones.
La Auditoría Interna ejerce sus funciones con independencia funcional y criterio del jerarca y de los demás órganos de la administración. Es objetiva y asesora validando y mejorando sus actividades. Su organización y funcionamiento se rige de conformidad con lo establecido en la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República, Ley General de Control Interno No. 8292, Manual para el ejercicio de las auditorías internas y cualesquiera otras disposiciones que emita el órgano contralor.
El auditor interno depende orgánicamente del máximo jerarca, quien lo nombrará y establecerá las regulaciones de tipo administrativo que les serán aplicables. El auditor es nombrado por tiempo indefinido. La suspensión o destitución de su cargo será por justa causa y por decisión emanada del Consejo Directivo, con observancia del debido proceso. Para la destitución se requerirá el mismo número de votos necesario para nombrarlo, de conformidad con lo dispuesto en el artículo 15 de la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República.
La Auditoría Interna, además de realizar auditorías financieras operativas y de carácter especial, tiene las siguientes competencias:
- Realizar auditorías o estudios especiales, en relación con cualquiera de los órganos sujetos a su jurisdicción institucional.
- Verificar el cumplimiento, validez y suficiencia del sistema de control interno de su competencia institucional.
- Verificar que la administración activa tome las medidas de control señaladas en la Ley General de control Interno.
- Asesorar, en materia de su competencia al jerarca del cual depende, y advertir a los órganos pasivos que fiscaliza sobre las posibles consecuencias de determinadas conductas o decisiones, cuando sean de su conocimiento.
- Autorizar, mediante razón de apertura, los libros de contabilidad y de actas que deban llevar los órganos sujetos a su competencia institucional.
- Preparar los planes de trabajo, por lo menos de conformidad con los lineamientos que establece la Contraloría General de la República.
Para el cumplimiento de sus funciones, la Auditoría Interna tiene las siguientes potestades:
- Libre acceso, en cualquier momento, a todos los libros, archivos, valores y documentos, así como a otras fuentes de información relacionadas con su actividad.
- Solicitar a todo funcionario o empleado de cualquier nivel jerárquico, en la forma, las condiciones y el plazo que estime convenientes, los informes, datos y documentos necesarios para el cabal cumplimiento de sus fines.
- Solicitar a los funcionarios y empleados de cualquier nivel jerárquico, la colaboración, el asesoramiento y las facilidades que demande el ejercicio de la Auditoría Interna.
- Cualesquiera otras potestades necesarias para el cumplimiento de las normas y los manuales de control y fiscalización que emita la Contraloría General de la República.
Para la atención de los informes emitidos por la Auditoría Interna, debe atenderse lo dispuesto en la Sección IV de la Ley General de Control Interno. El Consejo Directivo será el responsable de establecer, mantener y perfeccionar sus sistemas de control interno. Las normas que el Consejo dicte al respecto, serán de acatamiento obligatorio para la administración responsable de implementar y operar el sistema.